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达尔文开始把目光转向人工育种。当时一位精明的鸟类育种家如此写道：“严寒的冬季，或者食物匮乏，就会杀死体弱多病者，起到品种选择的良好效果。”达尔文牢牢记住了这段话，并深刻体会到大自然残酷的一面。1838年9月末，达尔文拿起马尔萨斯的《人口论》，书中关于人口数量的增长超过食物供应，从而导致弱者被淘汰的观点令达尔文怦然心动。大自然似乎类似于育种家，但比育种家更高明的是，她不只是关注个别性状，而是同时摆弄上百万的变异，确保更完善的个体脱颖而出。到12月底，达尔文承认自然选择与人工选择的类比是“我的理论中最精彩的部分”。事实上，他把人工选择看作是寻找创世奥秘的钥匙，但这种做法实在令剑桥的教授们大跌眼镜。
又一个事实令达尔文若有所思。在巴西时见到过的一种寄生黄蜂有一种本能，它将一只毛虫麻醉并在其上产卵，这只毛虫即成为未来幼虫的食物。但在幼虫孵化之前，黄蜂已经死去。显然黄蜂不可能知道这种本能有利于自己的后代，它只是无意识地这样做，结果却是为后代的延续提供了保障。可见本能（或特定性状）的出现是随机的，仅当对生存有利时，它才会被选中并保留下来。这是一个重大的思路。随着偶然性的引入，那种精心设计的神创论再次显得可疑。
1842年初，自然选择理论大致成形。过度繁殖和竞争导致“自然选择”，获胜者脱颖而出。生物彼此之间通过共同祖先而形成一个谱系。上帝通过这种方式令无数物种自然创造，而非通过个别创造的方式。如此我们就能设想，死亡、饥荒、疾病等都是上帝创造物种的方式，或者说是自然规律的体现，上帝无须为这种罪恶负责。现在达尔文终于有了一个新的视角：死亡、疾病等都是自然事实，与价值判断无关，与善恶问题无关。
由于航海期间收集的诸多珍贵标本及其发表的地质学见解，他在学术界已声名雀起；但在私下里，他却在从事一种危险的研究，它不仅冒犯亲人和朋友的感情，而且还将危害社会的正当秩序。达尔文因此而身心交瘁，这或许正是他一生深受病患折磨的原因。
其实在达尔文的思路中，物种起源与人类的起源本是同一个问题。但说到人类的起源，一个问题无法回避：人类的道德感难道也是通过自然选择而非神授？对此，达尔文也早有思考。达尔文的父亲是个医生，接触过不少病人，伴随着躯体疾病，这些病人往往还表现出情感上的障碍。这让达尔文想到，情感或精神，或许正是大脑的功能。正如引力是物质的属性那样，思想为何就不能是大脑的分泌物呢？人类不愿承认这一点，“那是因为我们的傲慢，我们的自我崇拜”。（P191）“傲慢的人类自以为是神的产品，值得神的干预，我却相信人类更卑微，是从动物中产生的。”（P193）为了证明这一点，他想方设法寻找证据。于是，他关注表情的起源问题。当时已有人提出咧嘴笑最初的意图是用来展示犬牙的，但却遭到抨击。达尔文深入探究，认为它“无疑是从以前拥有巨大犬齿的狒狒遗传而来的习性”。这一设想已经得到如今社会生物学的支持。1839年12月，达尔文的长子威廉出世，达尔文就此记下婴儿的一颦一笑，以此搜集人类表情先天性的证据。达尔文的妻子爱玛知道他有此研究癖好，曾如此打趣：也许在你眼里，我只是一个研究标本，当我心情不好或发脾气时，你却在构思一个理论：这证明了什么？事实上，就在达尔文向爱玛求婚之际，他确实如此问道：当一个男人说他爱某个人时，他脑子发生的是什么？达尔文的这一追问在今天终于有了答案，无论是性还是爱，确实都与某些特定的激素有关。
如果说，思想源于大脑的功能，而大脑（神经系统）的活动又受无情的自然规律所支配，那么，思想或意志怎么可能取得自由？然而，意志自由不仅是哲学的立论，更是神学的支柱，因为自由意志不仅与神授有关，而且还保证了道德的可靠。因此，得出这样的推论连达尔文本人都感到极度害怕。但休谟也正是站在同一立场上反对自由意志说的，达尔文曾经熟读休谟的著作，很难说他没有受到休谟的启发。
若是如此，道德从何而来？达尔文认为，仅仅从群体本能中，他就能够推出“所有最美好的道德情操”。想想哪怕是一条狗，它的行为也符合群体规则，而道德的功效无非就是令个体的行为与群体的规范相协调。因此，良心的起源，不是来自圣经的教诲，而是来自我们动物祖先的亲情。
思考物种起源问题，对当时的达尔文来说，有时不啻是一种痛苦的磨难。因为他的上述异端念头只能写在自己的笔记本里，若是公布于众，由此引起的后果实在难以想象。比如假设承认精神就是躯体的产物，岂不意味着人死后灵魂不灭的教义荒谬不堪？因此达尔文可说是生活在一个双重的世界里。由于航海期间收集的诸多珍贵标本及其发表的地质学见解，他在学术界已声名雀起；但在私下里，他却在从事一种危险的研究，它不仅冒犯亲人和朋友的感情，而且还将危害社会的正当秩序。达尔文因此而身心交瘁，这或许正是他一生深受病患折磨的原因。
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文章来源：中华读书报 2010-02-24
【本文责编：思玮】
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