武书连指出,本年度中国大学评价清华大学科学研究得分下降较多,主要原因是将清华大学医学部-北京协和医学院的得分从清华大学的得分中分离了出去。分离的主要根据是北京协和医学院认为:“‘清华大学北京协和医学院’和‘北京协和医学院(清华大学医学部)以及英文名称为Peking Union Medical College, Tsinghua Uninversity’的名字为协议文件中的历史产物,从未有正式注册和使用过”。“北京协和医学院临床医学专业的学生和研究生毕业证书和学位证书盖“清华大学”和“北京协和医学院-清华大学医学部”两个公章”是清华与协和两校合作办学的产物。由于清华大学在与北京协和医学院合作办学后声明不再单独举办医学院,因此本年度评价中,已将清华大学医学部的医学得分合并到北京协和医学院。